使用深度学习跟踪单个细胞

来自Kristina Ulicna在人工智能显微镜研讨会上的视频介绍

根据细胞跟踪状态进行细胞分离:这是一个彩色的二元掩模,在延时显微镜的视野中,介质与单个细胞融合,如果它们能从最初的电影帧(青色)被跟踪,就被突出显示为幸存者,如果他们在整个电影中迁移到视场(黄色),或者在自动轨迹重建中发生错误(红色),误入歧途。Tracking_single_cells_using_deep_learning_teaser.jpg

基于人工智能的解决方案继续在显微镜领域获得进展。从自动对象分类到虚拟染色,机器和深度学习技术正在推动科学突破,同时帮助显微镜学家简化分析。

图:根据细胞跟踪状态分离细胞:这是一个彩色的二元掩模,在延时显微镜的视野中,介质与单个细胞融合,如果它们能从最初的电影帧(青色)被跟踪,就被突出显示为幸存者,如果他们在整个电影中迁移到视场(黄色),或者在自动轨迹重建中发生错误(红色),误入歧途。

演讲者:克里斯蒂娜Ulicna

克里斯汀娜拥有伦敦大学国王学院生物医学科学学士学位,目188bet怎么注册前正在伦敦大学学院与艾伦·洛和纪尧姆·夏拉斯一起攻读博士学位。她的博士研究利用深度学习来跟踪非癌症和癌症细胞系中的单细胞异质性。Kristina在这一领域的工作最近被《计算机科学前沿》杂志接受:www.frontiersin.org/articles/10.3389/fcomp.2021.734559/abstract

她最近还以人工智能研究科学家的身份在微软剑桥研究院实习,《福布斯》斯洛文尼亚版将她列为2021年30岁以下的获奖者。

在这个演讲中,Kristina介绍了她已经开发的工具,使用深度学习自动检测细胞核,跟踪每个细胞核的时间,并可视化单个细胞的完整细胞谱系树。这些工具使她能够捕获多代细胞的状态,并检查细胞周期的持续时间是否可遗传。

更多关于她的工作:https://github.com/KristinaUlicna

主要学习

  • 使用多种深度学习模型和bTrack算法,细胞分割,细胞状态分类和单细胞跟踪可以完全自动化
  • 完整的单细胞谱系追踪是可能的,并允许有关遗传性状的问题可以检查
  • 野生型MDCK细胞有一个大范围的细胞周期持续时间,这一范围可能保持跨谱系

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