人工智能和共聚焦显微镜 - 你需要知道什么

关于恒星共焦平台的AI软件态度的常见问题解答

AiviaMotion:真实同步多色活细胞成像(U2OS)在3D how_人工al_intelligence_enhances_confocal_imaging_teer .jpg

此常见问题列表提供了“实践”答案,并且是关于AivIATION的介绍性文章的补充人工智能如何增强共焦成像

Aivimotion的好处是什么?

AivIAMOTION通过人工智能(AI)提高了去噪方法动态信号增强(DSE)。因此,甚至进一步增强了恒星平台的活细胞成像能力,需要较少的细胞活力,采集速度,图像质量和维度之间的权衡。

动态信号增强(DSE)和AiVIDION工作如何?

DSE使用滚动平均计算作为其核心算法。滚动窗口的比率是相邻成像帧之间的噪声是随机的,而生物信号被保留。因此,通过用滚动窗口的几个相邻的成像帧进行平均,在不需要的噪声“平均输出”的同时,突出相关的生物信号。在更多专家术语中,DSE增加了信噪比(SNR),从而导致更好的图像质量。

视频1:示出使用用于滚动窗口(括号)的五个原始数据帧(上部图像)的囊泡(大红色圆圈)的DSE计算。噪声(小红色点)在输出帧(较低图像)中突出生物信号(大红色圆圈)时平均出来。注意,为简单起见,未显示DSE的权重参数。权重参数控制RAW数据帧进行滚动窗口计算的贡献(即,中央帧比外围帧更加权),因此有助于优化时间动态的保存。

使用AivIAMOTION,我们现在为DSE推出一个新的选项,它使用AI在获取的“原始数据框架”之间以在所谓的“原始数据帧”之间插入所谓的“AiVIDION帧”。使用来自AiviaTion帧的附加信息进行滚动平均计算,DSE现在可以同时达到更高的SNR和更好的时间动态。

视频2:描绘激活AiVIATION选项的DSE计算的方案。由于所获取的原始数据帧(带有白色轮廓的上部图像)和AiviCION帧(具有蓝色轮廓的上部图像)用于滚动窗口计算,因此使用激活的AiVIAMotion选项更好地保留时间动态(由熟悉的红色圆圈表示)在较低的图像中)。与前一个例子(“vanilla”DSE)相反,现在可以使用仅超过三个获取的原始数据帧的平均来使用,因为额外的两个AiVIDION帧仍然用于滚动窗口计算的总共五个帧。在顶部,因为自己的AiviaTion帧本身也过滤噪音,而不仅仅是时间动态更好地保存,而且SNR也高于Vanilla DSE。

什么是aivimotion的潜在技术?

AivIAMOTION基于作为卷积神经网络(CNN)的专用类型的深度神经网络架构。非常实现AivIAMOTION的基于所谓的“CAIN”网络(渠道注意是视频帧插值,CHOI等,2020)。

有哪种实验是艾滋病的作品?

  • 什么样的动作?

与AiVIAMOTION的帧插值最适合对象的小型线性位移。

  • 什么样的标本?

AiviaMotion使用大量的训练数据进行训练。我们使用了来自100多个不同显微镜延时的6000多幅图像,对领域特异性数据(从细胞培养中的细胞骨架到斑马鱼视网膜的膜染色)的深层神经网络进行微调。因此,我们假设可致力于概括在各种标本和应用中的概括。

  • 什么样的成像数据?

AiviaMotion的工作涉及一个时间维度的成像数据,例如xyt和xyczt扫描。此外,AiviaMotion工作在FOV(视场)和共振扫描仪,以及不同模式的STELLARIS平台,如共焦,潜水和DLS.。对于Tausense Toolbox,AiviaTion在所有强度数据上工作,即在使用寿命信息用于采集的图像上,而是由此产生的图像的一部分(例如,它适用于TauseAleation,而不是Taucontrast)。

DSE / Aivimotion可以与闪电结合吗?

DSE(包括AiviaMotion)可以与LIGHTNING结合。当与共振扫描器结合使用时,这种组合尤其有益,可用于多个荧光团的快速和温和的活细胞成像。此外,DSE和LIGHTNING的处理可以串联起来,即通过一个“启动”命令,可以启动两个图像处理步骤的计算。

用不同的AiVIDION水平插入多少帧?

Aivimotion有三个不同的水平:“1”,“2”和“3”。AivIDION级别控制图像系列应用了多种迭代的迭代,例如,在AiVIDION级别1的情况下,应用了一种迭代的AiVIDION(等等)。

然而,AiviaMotion级别并不直接表示在单个获取的原始数据帧之间插入的帧数。在AiviaMotion第1级的单次迭代中,仅在单个获取的原始数据帧之间插入一幅图像。对于AiviaMotion级别2,在第一次迭代中,在两个相邻的原始数据帧之间插入一个单独的AiviaMotion帧,在第二次迭代中添加了两个额外的AviaMotion帧(一个在“左”原始数据帧和第一次迭代的AiviaMotion帧之间,以及第一次迭代的AiviaMotion帧和“正确的”原始数据帧之间的帧)。所以,总共有三个AiviaMotion帧插入了AiviaMotion level 2。最后,使用上面的完全相同的推理,但通过三次迭代,AiviaMotion级别3在两个相邻的原始数据帧之间添加了总共7帧。更一般地说,插入两个相邻的原始数据帧之间的帧数可以用2来计算一世-1参数的位置一世为AiviaMotion迭代次数。

沿着这些线,经常需要知道用于给定滚动平均窗口大小和AiVIDION水平的总帧的总数。因此,这里是用于使用五个原始数据帧的DSE设置的示例,以及用于滚动平均计算的结果的总帧的结果给出不同的AiVIDION级别

Aivimotion水平(i)

框架原始(n)

框架aivimotion

框架总数(t)

泛化(总计框架)

0.

5.

0 * 4 = 0

5.

n +(20.- 1)*(n - 1)= n

1

5.

1 * 4 = 4

9.

n +(21- 1)*(n - 1)= 2n - 1

2

5.

3 * 4 = 12

17.

n +(22- 1)*(n - 1)= 4n - 3

3.

5.

7 * 4 = 28

33.

n +(23.- 1 * (n - 1) = 8n - 7

表:用于DSE滚动窗口计算的帧数(t)作为给定的AiviDION水平(i)和原始框架(n)的函数;t = n +(2一世- 1)*(n - 1)。

使用更高的AiviaMotion水平的比率是,通过对更多的AiviaMotion插值帧进行平均,信噪比可能会进一步提高。这个策略特别适用于滚动窗口的大小不能增加(即,使用更多的原始图像计算是不可行的),因为最好的时间动态是关键的实验。

Aivimotion是否会增加帧率?

不,AiviaMotion不会增加输出帧的数量,即动态信号增强(DSE)的输出帧的数量是不变的-不管AiviaMotion选项是否被激活。然而,AiviaMotion确实暂时性地增加了帧数,即作为计算DSE滚动窗口的输入帧数增加了。然而,由于滚动窗口以步长考虑AiviaMotion级别的方式移动(即,它与插入相邻原始数据帧之间的帧数成正比),输出帧数独立于选定的AiviaMotion级别,因此是不变的。总之,AiviaMotion通过缩小滚动窗口的尺寸(参见FAQ问题2),在不增加帧率的情况下,有助于更好地保存试样的时间动态。

AiviaMotion也能插值z维吗?

目前,AiviaMotion可以对t维进行帧插值。由于AiviaMotion只添加一个参数到动态信号增强(t-插值迭代次数),AiviaMotion很容易使用,可以通过单击激活。

它科学上可以使用动态信号增强(DSE)和AivIDION来表达数据吗?

DSE使用滚动平均计算作为其核心算法。使用滚动平均值被广泛建立为去除噪声的方法,应用领域从成像数据到储蓄图。AiVIAMOTION选项将深度神经网络添加到DSE处理。与许多其他深度学习算法相比,AiVIDION不在单个图像和数据的空间域上运行,而是在多输入图像和时间域上运行。因此,AiVIATION在处理数据的“时间一致性”上excel。此外,由于AivIAMOTION是“仅”为DSE滚动窗口计算添加一些帧,因此总是有一个用于去噪的“地面真理”原始数据帧和AiviDION帧的混合。最后,用户始终是将DSE结果与无能性进行比较。因此,特别是对于定量分析(例如,测量荧光强度水平),用户可以容易地确认AivIDION的正确工作。

AiviaMotion算法可以训练吗?

目前,我们没有为您提供培训AiVIDION插值算法的机会。但是,我们用预先接受训练的深度学习模型运输Aivimotion,首先在广泛的公共视频数据集上培训,然后通过传输学习在域特定的显微镜数据集上进行微调。因此,我们假设可致力于概括在各种标本和应用中的概括。

动态信号增强(DSE)的权重参数是否对AivIDION帧插值产生了任何影响?

对于DSE,并非所有帧都同样计算。在DSE中使用的“权重”参数,该参数决定了靠近滚动窗口中心的框架,以及更多远程帧,有助于此计算。

然而,在通过帧插值生成AiVIDIMOTION帧时不考虑权重参数,因为在任何情况下,只能从AiVIDION算法使用两个相邻帧。当在原始数据帧和AiVIDION帧上应用滚动窗口计算时,如上所述,考虑重量参数,用于滚动窗口计算。总之,权重参数不用于AiVIDION帧插值,但在滚动平均计算过程中稍后使用。

处理时间尺度如何与AiviaTion迭代的数量缩放?

每个AiVIATION圆形所需的时间不均匀。由于每个AiVIDIATION迭代几乎加倍输入图像的输入图像的数量,因此以下AiviaTion迭代只需两倍即可。因此,虽然第二次迭代将采用比第一个间隔的两倍,但第三次迭代将采用四倍的间隔。当与闪电结合时,动态信号增强(包括AiVIAMOTION的DSE)的处理时间和闪电只是加起来,因为它们是顺序执行的。此外,由于AiVIDION帧仅瞬变(即,来自DSE的输出帧的数量不变 - 无论应用程序的应用水平)如何,闪电的处理时间与所采用的AiVIDION级别无关。

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